アフリカ最南端に位置する国家で、アパルトヘイト（人種隔離政策）により国際社会の反発を招いてきていた。

黒人大統領マンデラの新政権がスタートし、アパルトヘイトの終焉と同時に、人種差別主義からの決別を明確にするため、国旗も全面的に変更され1994年4月27日に制定された。国旗は、レインボーフラッグ（英語: Rainbow-Flag）とも呼ばれる。当初臨時の国旗としてデザインされたものが、評判が良かったため最終的に正式な国旗として憲法で定められたといわれる。

制定時には、特に色には象徴的な意味はないとされていた。非公式ではあるが、赤は黒人解放の闘争、過去の対立の中で流された血、青は空と二つの海、緑は農業、自然や森林資源、黄は南アフリカで産出される金に代表される天然鉱物資源、黒は黒人と同時に他のアフリカ諸国とのつながり、白は白人と同時に平和を、それぞれ示していると言われている。ホイスト（旗竿）側の三角形は勝利の「Ｖ」を示し、様々な民族と文化の共生を象徴している。

また、黒・黄・緑はアフリカ民族会議 (African National Congress) の旗の三色であり、残りの赤・青・白は旧宗主国のイギリス、オランダ国旗の三色でもある。そのため現在の国旗はアフリカの伝統と歴史を示していると解釈される。